01. Esta é a principal janela do Free ISO Creator, onde você pode adicionar arquivos (Add File(s)), pastas inteiras, com subpastas e tudo (Add Folder) ou criar pastas (New Folder).

02. Como você pode perceber, arquivos ocultos também podem ser adicionados (como destacado na imagem). Para apagá-los, caso você queira, selecione-os e clique em Delete Selected. Já para renomear um arquivo, selecione-o e clique em Rename.... Isto também vale para mudar o nome da própria imagem, selecionando a pasta mãe (no caso, NEW). Para salvar a imagem, basta clicar em Save ISO as..., embora haja configurações extras em Size Limit e Options.
03a. Em Size Limit, você pode definir o tamanho máximo que sua imagem terá, o que é útil para criar imagens próprias de CDs ou DVDs sem perigo de estourar o limite de cada mídia.
03b. Já em Options, você pode definir o sistema de arquivos da imagem (File System) e se a mesma terá um menu de boot de computadores (Create bootable image).

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Fonte: Baboo

